Ballaké Sissoko est issu d'une noble lignée musicale. Son père, le maître de la kora Djelimady Sissoko, est membre fondateur puis directeur de l'Ensemble instrumental national du Mali. Comme son aîné, Ballaké fait sien le vénérable instrument à cordes. Dès l'âge de 13 ans, il se greffe à l'orchestre de son paternel. Il y passe 10 ans à parfaire son art. En 1991, il prête ses talents à la chanteuse-griotte Kandia Kouyaté. Son parcours discographique démarre six ans plus tard avec Kora Music from Mali. Conçu avec son compatriote Toumani Diabaté, Nouvelles cordes anciennes sort en 1999. Suivent plusieurs experiences avec des musiciens de tous les horizons. Chamber Music (2009), par exemple, est le fruit d'une rencontre avec le violoncelliste français Vincent Ségal.